보적사는 고려초 창건 당시 세계 중생의 질병치료, 수명연장, 재화소멸, 의복, 음식등을 만족케 하고, 부처의 행을 닦아 무상보리의 진리를 터득케 한다는 약사여래를 모신 약사전을 중심으로 독산성의 역사와 함께 오랜 세월을 같이 했다.

대웅전 좌두에는 요사채 2동이 있으며 대웅전 정면에 3층 석탑이 조성되어 전통사찰의 면모를 보여주고 있는 조선후기의 사찰, 호국의 군진으로 이름난 사적 제140호 독산성 세마대지와 자리를 같이하고 있는 보적사는 아무런 사적 자료없이 고려초기 창건으로만 전해올 뿐이다.

수원유수가 관할하는 3백여호의 변화한 촌락이 되었으나 한일 합방후 왜인은 세마대를 파괴하고 주민을 각처로 분산 이주케 하였다. 여러차례 전란으로 중건을 거듭하다 조선 22대 정조가 용주사 건립시 재건 하였고, 1957년 세마대의 복원과 함께 산상에 연무의 3개 광장도 마련하였다.